HPV病毒治疗性疫苗的使用前提是，人体已感染了高危型HPV病毒。在此种情况下，高危型HPV病毒已形成两种感染模式：活动性感染和潜伏性感染，此时，治疗性疫苗只能通过免疫作用阻止病毒某抗原基因的表达或清除病毒粒子，但对“潜伏性感染”病毒作用甚微。这可能就是治疗性疫苗难以有大的突破的原因。